La Junta ejercerá la acción y los derechos que le otorgan sus estatutos, el Código de Aguas y las leyes aplicables, en el Río Copiapó y sus Afluentes, desde las nacientes cordilleranas, lagunas, vegas y glaciares, que dan origen al conjunto de los ríos y quebradas que forman parte de las sub-cuencas de los Ríos Jorquera, Pulido y Manflas y todas las sub-cuencas aportantes que se encuentran hasta la ciudad de Copiapó.

Estas aguas se encuentran divididas en 9 distritos de riego (específicamente hasta las tomas denominadas el Crucero), que corresponde al último Distrito de Riego en que se encuentra dividida la jurisdicción de la Junta.

Quedan incluidos en su jurisdicción el Embalse Lautaro, el tranque acumulador de Cerrillos y los canales construidos por la Dirección de Riego del Ministerio de Obras Públicas denominados Canal Compuertas Negras, Canal Mal Paso Chico y Canal Mal Paso.

La acción de la Junta de Vigilancia comprenderá tanto la administración y distribución de las aguas entre sus miembros, como la jurisdicción que le confiere la ley sobre éstos y la competencia que más allá de los estatutos le reconoce la ley.

La acción de la Junta no se extiende al interior de los canales o cauces artificiales, y sólo llega hasta el dispositivo aforador del agua, ubicado en la bocatoma en el río de cada canal de distribución o grupo de canales unificados con bocatoma común, que extraigan aguas en conformidad a sus derechos y lo dispuesto en la Ley.